האגף לפיקוח ובקרה על קופות החולים והשב"ן במשרד הבריאות מפקח באופן שוטף על עמידתן של קופות החולים בדרישות ניהול השב"ן על פי החוק ועל פי התקנות, וכן על אופן הגבייה והניהול של כספי השב"ן. זכויות השב"ן מפורטות בתקנון המאושר מראש על ידי משרד הבריאות, וכל שינוי בו מחייב אישור מראש של משרד הבריאות.
